Wraz ze skanerem dostarczane jest oprogramowanie  ScanSnap Organiser v4.0,  ScanSnap Manager 4.1,  CardMinder 4.0 oraz ABBYY FineReader dla ScanSnap 4.1.

Funkcja Auto Size pozwala na automatyczne rozpoznanie wielkości skanowanego dokumentu, co pozwala na optymalizację przestrzeni pamięci masowej.

Funkcja Auto Color Detection rozpoznaje dokument kolorowy i automatycznie skanuje go  w trybie kolorowym, by zachować wierność kolorów i szczegółów. Funkcja również rozpozna dokument czarno biały i automatycznie zeskanuje go w trybie czarno białym, aby mniejszy plik nie zajmował miejsca na dysku.

Pomieszane jedno i dwustronne dokumenty mogą być teraz skanowane razem bez żadnego problemu ponieważ oprogramowanie usunie obrazy wszystkich pustych stron; obrazy dokumentów zeskanowanych do góry nogami zostaną obrócone. Obraz jest też ulepszony dzięki funkcji automatic deskew, która prostuje obraz krzywo zeskanowanego dokumentu.

Funkcja ScanSnap S1300 – Quick Menu – pozwala użytkownikowi podczas skanowania wysłać dokument do emaila, drukarki, do określonego folderu lub wybrać w jakim pliku ma być dokument zapisany: Word, Excel, PDF czy PowerPoint.

Nowa funkcja Cropping pozwala na przycinanie/kadrowanie skanowanego dokumentu prasowego lub artykułu jedynie do zaznaczonej seksji lub akapitu.

Dodatkowo wprowadzono nową funkcję – Automatic Resolution, dzięki której skaner sam dobiera rozdzielczość z jaką dokument ma być zeskanowany.

Dołączone oprogramowanie CardMinder 4.1  do archiwizowania danych z wizytówki. Rozpoznaje litery wielkości od 6 do 28 punktów, a prosta baza umożliwia wyszukiwanie zarchiwizowanej wizytówki zarówno po nazwisku, nazwie firmy, jak i jej logo.

Nie obsługuje sterowników TWAIN albo ISIS, używa własnych sterowników.